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在激勵科技創新的過程中，政府扮演什么角色應該加以明確。在高質量發展階段，如果我們依然用“GDP主義”時代的管理方法用行政的力量去刺激創新，可能會適得其反。
日前，媒體發現中國各地已經建立了六大基因產業園區，各種良莠不齊的公司在資本支持下投身于基因產業。事實上，目前科學家僅僅能夠分析出某些基因與疾病的關系，但與基因個性化咨詢、基因治療疾病、解讀人類遺傳密碼還有很長的距離，可能需要20多年的時間或許能弄清楚。但是，在一些地方的支持下，基因工程竟然已經成為處于“風口”的產業了。
不僅僅基因技術依然處于幼稚期，我們的基因產業監管也幾乎是空白，也就是說，在技術和監管都不太完善的前提下，如果創新導向的政策鼓勵這個領域加速商業化，這蘊含較大風險。據不完全統計，我國70%的基因檢測公司沒有相應的臨床資質，也沒有基因檢測公司的技術標準、市場準入標準等等，市場混亂。
地方政府與資本是主要的推動力。去年國內共有50余家基因企業獲得52.59億元融資額。比如某知名基因公司去年減少了研發投入，但是，被爆在全國范圍內跟地方政府達成合作協議的“基因小鎮”或“產業園”項目達10多個。也就是說應該投入研發的高技術公司卻去涉足產業園區開發。
基因技術一定會掀起一場革命，但是，現在最需要投入的是基礎研究，而不是在技術遠遠沒有成熟的前提下，就把它作為一項產業，政府與資本一起推動其商業化，技術不成熟與缺乏監管意味著商業化對基因技術的消費者不負責任，用被夸大的技術過度營銷。
我們需要明確政府在創新活動中的角色應該是什么。首先，政策的著力點應該放在保護知識產權，構建公平、透明的競爭環境上，構筑以企業為主導、產學研合作的產業技術創新戰略聯盟，而不是保護和扶持特定的產業，扭曲企業的競爭行為。但是，當前由于創新績效主義的存在，導致一些地方將更多精力用在扶持特定的產業，反而在政策環境與市場環境等方面進展不盡如人意。
地方政府為進行“產業競爭”而過度出臺各種各樣的扶持性政策，一方面會導致低端技術水平產能過剩，另一方面，也會導致市場創新資源的錯配，需要給予一定的節制。此外，建議最高法院建立垂直管理的知識產權法庭，以避免地方保護主義對知識產權保護的干擾。
其次，自2008年以來，為了促進企業技術創新，中國規定凡通過高新技術企業認定，企業所得稅可在三年內從25%減為15%。這項政策的初衷是好的，但在執行過程中也有刺激企業造假的風險，必須加以防范。
在這項政策執行初期，有大量報道認為有不少高新技術企業材料造假，為了避免造假，現在政府每年要進行資格檢查，不斷提高行政成本。事實上，政府可以考慮取消這一政策，因為由政府給出“高新技術”的認定標準并把企業人為地分各種等級，不利于營造公平競爭的市場環境，并很難杜絕企業造假行為。
甚至個別地方政府涉嫌參與造假行為。這是因為對于地方政府以及其科技部門而言，每年評定科技企業數量的多少是該地區和部門的重要政績之一。這也是他們積極招商引資、搞創新產業園的根本原因。為了生產出更多數量的高新技術企業，地方政府成立科技孵化中心、科技創業中心、生產力促進中心等，承擔包裝高新技術企業的功能。而認定高新技術企業的核心標準是專利，這成為中國專利大爆炸的主要推動力，但是，一些主要是花錢購買一些無用專利，或者自己制造垃圾專利。
進入高質量發展階段之后，中國提出了新的發展理念與新的發展目標，但是，我們的體制仍然處于上一階段，這導致用舊的系統去落實新的理念時候，就會出現嚴重脫節，即把新的理念和目標概念化，然后繼續用舊的政策方式去運轉，這是當前中國創新發展最大的障礙和挑戰。創新環境本身是要避免行政干擾，當用行政手段去推動創新的時候，已經干擾了創新活動，各種刺激性政策則會進一步產生誤導，應該及時修正。
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